حرمت اختلال نظام در سه قلمرو اختلال نظام زندگی اجتماعی، نظام زندگی فردی و اختلال نظام شریعت مورد استدلال قرار گرفته است. اصلی‌‌ترین دلیل بر این قاعده، حکم عقل مستقل و ترکیبی از لزوم نقض غرض و قواعد باب تزاحم است. تمسک به این قاعده، گاه برای بیان حکمت حکم است که در این موارد، نمی‌توان از مورد ادله تجاوز کرده یا آن را تخصیص زد و گاه به‌عنوان دلیل حکم که در این موارد حکم دائر مدار اختلال نظام است. اختلال نظام علاوه بر کاربرد در مرحله امتثال، در مرحله استنباط نیز کارایی دارد و در صورت لزوم اختلال نظام از یک استنباط خاص مانند اشتراط عدالت واقعی، بطلان این استنباط کشف می‌شود. باید دانست: به حکم عقل، حفظ نظام نیز واجب است و اگر حفظ نظام، متوقف بر ثبوت حکمی مانند حجیت امارات و اصول باشد، عقلِ حاکم به حرمت اختلال نظام، حجیت را نیز ثابت خواهد دانست. این قاعده در فقه و اصول، کاربست‌های فراوانی دارد که حجیت اماراتی مانند ظواهر، ید و در دیدگاه برخی تمام امارات عقلایی، همچنین حجیت اصولی مانند برائت، استصحاب، قرعه، اصالة الصحه و... در دیدگاه برخی از عالمان بر این قاعده استوار است.