نسبت به قاعده تبعیت احکام از ملاکات، این اشکال اساسی مطرح است که: قاعده تبعیت ناتمام است، زیرا در احکام شرعی، موارد بسیاری وجود دارد که موجب نقض قاعده تبعیت خواهد بود. به نظر می‌رسد برخی از احکام شارع دارای ملاک نیستند یا در برخی موارد مصالح و مفاسدی وجود دارد اما جعل حکم، محال است. در برابر این اشکال، پاسخ‌های متعددی مطرح شده است مثل این‌که ممکن است ملاکاتی که حکم شرعی از آن تبعیت می‌کند در متعلق حکم شرعی نباشد، بلکه مثلاً نفس جعل حکمی دارای مصلحت باشد و ... . علاوه بر این‌که تأثیرگذاری ملاکات در احکام به صورت علیت تامه نیست که هر کجا ملاک بود، حکم شرعی نیز جعل شود، بلکه رابطه آنها مانند علت ناقصه و معلول است یعنی وجود ملاک، بخشی از علت جعل حکم شرعی است.
)