محققان اصولی غالباً پیش از تعریف علم اصول و بیان موضوع آن، بحثی دربارۀ موضوع علم و به تناسب آن، «ملاک تمایز علوم» مطرح کردهاند. در «ملاک تمایز علوم» چهار نظریه مطرح است:
نظریۀ یکم: مشهور معتقدند که تمایز علوم به موضوعات است.
نظریۀ دوم: محقق خراسانی معتقد است که تمایز علوم به اغراض است.
نظریۀ سوم: محقق عراقی و در پی ایشان محقق خویی تمایز علوم را گاه به اغراض میدانند و گاه به موضوعات.
نظریۀ چهارم: محقق اصفهانی و امام خمینی تمایز علوم را به خود علوم میدانند و معتقدند که تمایز علوم به ذات مسائل آنهاست. البته این دو محقق، در ملاک وحدت علوم با یکدیگر اختلاف نظر دارند. محقق اصفهانی ملاک وحدت علوم را «غرض واحد» و امام خمینی «سنخیت قضایا» میداند.
در این نوشتار، چهار نظریه را به تفصیل بررسی کردهایم و در پایان، این دیدگاه را برگزیدهایم که وحدت علوم، اعتباری و تمایز آنها به خود مسائل آنهاست.
)